Die Handlung des Manga beginnt mit einem kurzem Rückblick. Denn vor 12 Jahren wütete ein Neunschwänziges Fuchsungeheuer in Konoha. Alle Ninjas des Dorfes versuchten es zu bezwingen, dennoch hat es niemand geschafft. Sie warteten also auf den Hokage des Dorfes. Er war der beste Ninja im Dorf und auch das Oberhaupt. Wenn es einer schaffen konnte, dann nur er. Besiegen konnte er das Fuchsungeheuer nicht. Aber er schaffte es durch den Nabel eines Kleinkindes das Ungeheuer zu verbannen. Dafür bezahlte er mit seinem Leben. Das Ungeheuer, eingesperrt in das kleine Baby Naruto konnte nun nicht mehr entfliehen und sollte von da an das Schicksal mit Naruto teilen.

12 Jahre später beginnt die eigentliche Geschichte. Wie eigentlich jeden Tag stellt, der nun 12 Jahre alte, Naruto Unsinn an. Er bemalte diesmal die Hokage-Felsen. Auf diesen sind die bisherigen Hokages zu sehen. Bisher gab es 4 Hokages, da der 4. Hokage sein Leben beim Kampf mit dem Neunschwänzigen sein ließ, führt nun wieder der 3. Hokage das Dorf an. Meister Iruka hielt Naruto also auf und bestrafte ihn, da er durch das Gemale die Ninja Academy schwänzte. Dort lernen die Schüler alles wichtige und grundlegende über das Leben als Ninja. Iruka weißt Naruto erst einmal zurecht, da am nächsten Tag die Abschlussprüfung ist und Naruto schon das dritte Jahr in dieser Schule sei. Naruto stört das nicht weiter und stellt weiterhin Unsinn an. Am nächsten Tag fällt er mal wieder als einziger durch die Prüfung. Doch Meister Mizuki gibt ihm nach der Prüfung einen Tipp. Naruto solle das Buch mit den sieben Siegeln stehlen und die Künste darin lernen, damit könne er ganz sicher die Prüfung bestehen. Aber Mizuki ist weniger selbstlos wie es scheint. Er verrät Naruto und nun Jagd ihn das ganze Dorf, denn das Buch ist ein Verbotenes Buch. Meister Iruka ist der erste der Naruto findet. Er findet Naruto völlig erschöpft am Boden liegend. Dann taucht plötzlich Mizuki auf und greift Iruka an. Denn eigentlich ist er derjenige der hinter dem Buch her ist. Um dies zu bekommen verrät er das größte Geheimnis des Dorfes. Von dem wissen nur die Erwachsenen die damals gegen das Ungeheuer gekämpft haben. Doch er verrät Naruto das er das Neunschwänzige Fuchsungeheuer ist. Naruto wird jetzt einiges klar, die kalten Blicke, der Hass der ihm gegenüber gezeigt wird, einfach alles. Er läuft unter dem Schutz von Iruka weg. Nun entbricht ein Kampf zwischen Mizuki und Iruka. Da Iruka schon verletzt ist, steht er kurz vor dem Tod. Mizuki erzählt noch das Naruto nichts als ein Ungeheuer ist und die Künste aus dem Buch ausnutzten wird. Iruka ist da allerdings andere Meinung und sagt wie sehr er Naruto schätzt und achtet. Da Naruto nur hinter einem Baum sitzt hört er das alles und weiß jetzt das es doch einen gibt der ihn achtet. Kurz bevor Mizuki zum letzten Schlag gegen Iruka ansetzten will, springt Naruto dazwischen. Natürlich wird er nicht ernstgenommen, weil er noch nicht mal ein Ninja ist. Doch seine neuerlernte Kunst, Schattendoppelgänger, hilft ihn dabei. Eine Kunst die nur die besten Ninjas beherrschen. Irgendwie schafft es Naruto 1000 Schattendoppelgänger zu erschaffen. Damit ist es kein Problem Mizuki zu schlagen und Iruka zu retten. Iruka lässt Naruto auch gleich den Abschluss bestehen, denn die Prüfung bestand ja daraus einen Doppelgänger zu erschaffen. Die Lage im Dorf hat sich beruhigt.
Die frischen Abgänger aus der Ninja Academy werden in dreier Gruppen eingeteilt und einem Jo-Nin (Oberninja) zugeteilt. Naruto bekommt in seine Gruppe seine Geliebte Sakura und seinen Erzrivalen Sasuke. Meister Kakashi ist derjenige der die Gruppe von nun an ausbilden soll. Allerdings müssen die drei erst noch durch eine "Zwischenprüfung". Erst dann werden sie als Ge-Nin (Unterninja) akzeptiert. Es gab zwar ein paar kleine Schwierigkeiten, aber die 3 haben es geschafft. Sie sind richtige Ninjas. Von nun an bekommen sie vom Dorf Aufträge und müssen diese mit Hilfe von Kakashi erfüllen. Damit beginnt Narutos Traum irgendwann einmal Hokage des Dorfes zu werden; und er erlebt von nun an viele Abendteuer.